近几年来，随着国家惠农投入的加大，农业产业化结构的不断优化，地方种植业、养殖业、饲养业发展较快，一些个人独资企业或合伙企业的生产规模和主营业务收入已超过集体企业或其它企业。然而，国家财政部、国家税务总局（财税[2010]96号）规定“对个人独资企业和合伙企业从事种植业、养殖业、饲养业、捕捞业（以下简称‘四业’），其投资者取得的‘四业’所得暂不征收个人所得税”。对集体企业从事“四业”的所得也免征了企业所得税，而对集体企业的投资者取得的所得则要交纳个人所得税。显然，此规定有失公平。
其一，个人独资企业、合伙企业、集体企业或其它企业从事“四业”，其经营项目、经营范围、经营模式基本相同，唯一不同的是注册登记时企业经济性质不同。比如以个人名义注册登记的则为个人独资企业，以2人名义注册登记的则为合伙企业。如果该2人注册登记为有限责任鼎汇3就要交纳个人所得税。因此，仅凭企业注册登记时经济性质，以确定个人所得税的征免是不合理的，也是不公平的。
其二，随着国民生活水平的提高对蛋白质食品需求的增加，以及“四业”受基本农田和生态红线的制约，“四业”的发展受到限制，农业企业尤其是种植业、养殖业、饲养业、捕捞业是高风险行业，市场因素很大，加之生产成本，主要人工、饲料、土地流转等费用上涨较快，企业已进入微利时代。随着国家税收体量的增大，应逐步取消对集体企业或其它企业从事“四业”个人所得税的征收，使从事“四业”经营的集体企业或其它企业同个人独资企业、合伙企业享受公平竞争环境和普惠的税收免征待遇。
据此，建议修改《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号）、《财政部 国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字[1994]020号）和《国家财政局、国家税务总局关于农村税费改革试点地区有关个人所得税问题的通知》（财税[2004]30号）等有关规定，新增条款“对集体企业或其他企业从事‘四业’，其投资者取得的‘四业’所得停止征收个人所得税”。